A differenza del cammino verso Santiago, per la Via Francigena non esiste uniformità di segnali.
In alcuni tratti manca del tutto la segnaletica, e bisogna ricorrere esclusivamente alle guide, in altri esistono segnali diversi che possono indurre in confusione il pellegrino.
dal 2006 i "Custodi della Via" segnalano con cura, e a loro spese, la Via Francigena con un pellegrinetto giallo e una freccia bianca per indicare il cammino verso Roma e gialla per indicare il cammino verso Santiago.
Un pellegrinetto azzurro indica invece le varianti presenti su percorsi secondari.
Bisogna sempre tener ben presente che, ad oggi, il percorso è indicato in modo frammentario e che spesso il pellegrino viene dirottato su percorsi più sicuri ma ben più lunghi, che rendono quasi impossibile percorrere l'intero cammino nelle cinque settimane previste.